En el 1953, con motivo de la conmemoración del primer centenario de la institución de la devoción a la Virgen de la Divina Providencia en Puerto Rico, los Padres Jesuítas, con el muy conocido Padre Saturnino Junquera, tuvieron a su cargo misionar por toda la Isla. Las celebraciones culminaron con una solemne fiesta mariana el 19 de noviembre de ese año, en la Catedral de San Juan, donde está entronizado el camerín de la Virgen. Para ese entonces el Padre Luis Aponte Martínez fungía como Párroco de la Iglesia Santiago Apóstol en Santa Isabel, y ya desde ese momento tenía una gran devoción a esa advocación mariana.
Con el transcurrir del tiempo, y llegar a ser designado SER Mons. Luis Aponte Martínez, Arzobispo Metropolitano de San Juan de Puerto Rico en el 1965 –(primer Arzobispo puertorriqueño), se preocupó de fundar la Conferencia Episcopal Puertorriqueña (1969), para así poder también formar parte del CELAM –(Consejo Episcopal Latinoamericano), quedando así conformada la Provincia Eclesiástica de Puerto Rico.
Al ser convocado por el Papa Pablo VI, de feliz recordación, la celebración del Primer Sínodo de Obispos (1969), y siendo para entonces Monseñor Aponte Martínez Presidente de la Conferencia Episcopal, tuvo que asistir a dicho Sínodo. En la primera oportunidad que tuvo para dialogar con el Santo Padre, presentó ante él la necesidad de que Puerto Rico contara con una Patrona, ya que era el único país del Caribe, de las Antillas y de América Latina, que no contaba con una Patrona (ya que la Virgen de la Providencia hasta entonces sólo había sido proclamada, “Protectora de Puerto Rico” (1953).
El Santo Padre le dijo que hiciera las consultas correspondientes, tanto a nivel de Estado, como a nivel de Iglesia, para que pudiera someter oficialmente la petición. Fueron iniciadas las gestiones y enviada la petición oficialmente al Santo Padre, y con fecha del 11 de noviembre de 1969, llegó la Bula Pontificia declarando: “Como el venerable Hermano Luis Aponte Martínez, Arzobispo de San Juan de Puerto Rico y Presidente de la Conferencia de los Obispos de dicha nación, hubiera solicitado, en nombre suyo, del clero y de todo el pueblo, que la Bienaventurada Virgen María de la Divina Providencia, fuese declarada y establecida Patrona principal de la entera Nación puertorriqueña, con todos los derechos y privilegios que le sean propios según las rúbricas.
Queremos que ésta Nuestra carta sea válida tanto ahora cuanto para siempre, sin que ningún obstáculo le sea contrario. Dado en Roma, junto a San Pedro, con el anillo del Pescador, el día once del mes de noviembre del año del Señor mil novecientos sesenta y nueve, séptimo de Nuestro Pontificado.” (Cf. Decreto de concesión de la Virgen Madre de la Divina Providencia como Patrona Principal de Puerto Rico.)
El 5 de diciembre de 1976 fue la culminación de un proceso. Se efectuó la Proclamación y Coronación de la Virgen de la Providencia, en el área de estacionamiento del Estadio Hirám Bithorn, con la presencia de Cardenales, Arzobispos, Obispos, clero y fieles. Lamentablemente, la noche antes de este gran acontecimiento, la imagen de la Virgen fue vandalizada y quemada en la Iglesia Santa Teresita en Santurce. Durante la celebración hubo momentos de mucha emoción, en especial, cuando el Señor Cardenal procedió a coronar la imagen de la Virgen quemada. En la homilía, el Señor Cardenal Aponte aprovechó para decir a los fieles congregados, “el fósforo no fue encendido tanto para quemar a la Virgen, como para encender en el corazón de todos nosotros un mayor amor a Ella.”
A partir de ese momento el Cardenal Aponte se dio a la tarea de comenzar el proyecto de construcción de lo que sería el futuro Santuario, sueño que aún no se hace realidad. En el año 1985 empieza oficialmente la colecta pública a favor de la construcción del Santuario; en el 1990, el Cardenal bendijo la primera piedra en los terrenos de una extensión de 36 cuerdas, en la Carretera 176, Km. 5.2, zona de Cupey Bajo, en Río Piedras.
Así queda levantada en el lugar una modesta Ermita de madera, con una imagen de la Virgen de la Providencia en el altar, cuando el 8 de diciembre de 1990, se celebró la primera Misa en dicho lugar y establecida la celebración de la Santa Misa todos los domingos a las 10:00 de la mañana.
Imediatamente se comenzaron los trabajos de movimientos de tierra para preparar los terrenos. Entre los años de 1998 y 1999 se construyó la Plaza del Santuario y se erigió la Cruz Monumental de 150 pies de alto, siendo ésta la tercera Cruz más alta de América.
La Cruz y la Plaza fueron bendecidas ya bajo el pontificado del actual Arzobispo, SER Mons. Roberto Octavio González Nieves, quien solicitó a su antecesor, el Cardenal Luis Aponte Martínez, Arzobispo Emérito, para que las bendijera el 18 de noviembre del año 2000.
Se inició el proyecto con un concurso llevado a cabo entre firmas de arquitectos e ingenieros para el diseño de lo que sería el templo, diseño que fue ganado por la firma de Arquitectos de Tom Marvel. Se comenzó la primera campaña de recaudación de fondos a través de las parroquias, que se tituló, “La tarjeta familiar”, de las cuales las familias hacían sus aportaciones conforme a sus posibilidades económicas y que fue todo un éxito. La segunda etapa, se llevó a cabo la venta del metro de terreno. La tercera etapa, la venta de 2,000 adoquines que serían impresos con los nombres de los donantes, familiares, etc.